寇克將軍，歡迎您重返企業(yè)號(hào)！一團(tuán)碩大無(wú)朋的高能離子云，在遙遠(yuǎn)而神秘的太空中迅疾地飄移。這團(tuán)能量云具有無(wú)堅(jiān)不摧的威力，足以毀滅宇宙間任何物質(zhì)結(jié)構(gòu)。在它所劃過的軌跡上，早已有好幾艘分屬銀河三大勢(shì)力的星艦遇難了……地球-銀河系星球聯(lián)邦的重鎮(zhèn)，星際艦隊(duì)總部的所在地。在位于北美洲舊金山的星際聯(lián)邦艦隊(duì)總部，寇克將軍正像往常一樣百無(wú)聊賴無(wú)所事事，突然間卻接到了一個(gè)再好不過的命令檢視企業(yè)號(hào)準(zhǔn)備執(zhí)行緊急任務(wù)。原來(lái)地球的防衛(wèi)體系己經(jīng)發(fā)現(xiàn)了那團(tuán)高能離子云，而且偵測(cè)出它正對(duì)準(zhǔn)地球飛來(lái)。寇克將軍的任務(wù)，就是要趕在它到達(dá)地球之前，率領(lǐng)企業(yè)號(hào)先迎上去一探究竟。闊別了將近十年，當(dāng)寇克重新登上企業(yè)號(hào)時(shí)，內(nèi)心的興奮與激動(dòng)真是難以形容。可是當(dāng)他隨著現(xiàn)任的艦長(zhǎng)迪卡檢閱過了人員與裝備之后，卻又不禁興起不少陌生的感覺。因?yàn)榻?jīng)過這些年來(lái)的不斷改良，企業(yè)號(hào)的功能與威力都增強(qiáng)了許多，但也因而使得前任的艦長(zhǎng)寇克將軍有點(diǎn)摸不著頭緒了。不過還好的是，接下來(lái)馬上就有很大的驚喜沖淡了這份陌生感神通廣大的寇克竟然在短時(shí)間之內(nèi)幾乎把老戰(zhàn)友都找齊了！例外的只有史波克先生，他因?yàn)檎谕呖闲沁M(jìn)行高深的修煉，所以沒有辦法趕來(lái)，成了這次任務(wù)的唯一遺憾。由于寇克是星際艦隊(duì)的高級(jí)長(zhǎng)官，所以在出發(fā)之后，迪卡艦長(zhǎng)只好很不情愿地暫時(shí)交出指揮權(quán)。一開始的時(shí)候，兩位新舊艦長(zhǎng)之間難免有些成見與摩擦，但漸漸地就因?yàn)橄嗷チ私舛兊眯市氏嘞А？芸税l(fā)現(xiàn)迪卡的確是個(gè)優(yōu)秀稱職的好艦長(zhǎng)，而迪卡也開始真正地把寇克敬作父執(zhí)。原來(lái)迪卡的父親也曾做過寇克部下，后來(lái)卻不幸在末日武器那個(gè)事件中英勇犧牲了。企業(yè)號(hào)上的新面孔，除了迪卡艦長(zhǎng)之外，還有一位美麗的女領(lǐng)航員伊莉雅。雖然她是德羅坦星人，但除了有頭發(fā)之外，卻是地球人眼中的標(biāo)準(zhǔn)美女，連迪卡艦長(zhǎng)都曾與她有過一段羅曼史。在迎向能量云的途中，企業(yè)號(hào)突然發(fā)生嚴(yán)重故障，不得不把速度減慢下來(lái)。沒想到此時(shí)史波克卻意外地出現(xiàn)了，使得所有的老戰(zhàn)友全都興奮不已。原來(lái)史波克還是沒有通過最后的考驗(yàn)，他體內(nèi)深藏的人性仍然無(wú)法根除。當(dāng)史波克面對(duì)現(xiàn)實(shí)完全想通之后便決定還是回到星際艦隊(duì)來(lái)繼續(xù)服役。不過，在精通心理學(xué)而洞悉人性的麥考伊眼中，卻已經(jīng)看出了寇克與史波克的復(fù)雜心情。他感覺到他們最關(guān)心的似乎并不是這次的任務(wù)，而是返企業(yè)號(hào)的成就感。由于史波克的高超能力，很快就幫史考特等人排除了一切故障，使得企業(yè)號(hào)能及時(shí)迎上那團(tuán)能量云。不料正當(dāng)穿進(jìn)云層時(shí)，伊莉雅卻突然被一種不知名的力量擄走，然后卻又傳送回來(lái)了一個(gè)與她一模一樣的復(fù)制人。據(jù)這個(gè)復(fù)制的伊莉雅說(shuō)，她是那團(tuán)云派來(lái)作為雙方溝通的媒介。原來(lái)這團(tuán)云竟然是個(gè)有智慧的個(gè)體！它透過假伊莉雅，宣稱自己的名字叫『威者』（V’ger），正要航向地球去尋找自己的創(chuàng)造者，并且還要試圖與創(chuàng)造者結(jié)合。接著假伊莉雅又不顧眾人的疑惑，反而開始詢問有關(guān)企業(yè)號(hào)的問題。因?yàn)檫^去與伊莉雅的一段淵源，迪卡便理所當(dāng)然地負(fù)責(zé)與這位假伊莉雅溝通，他還不時(shí)地利用這種特殊關(guān)系，試著向她套取更多威者的情報(bào)。當(dāng)這團(tuán)能量云還剩幾個(gè)小時(shí)就要到達(dá)地球時(shí)，史波克擅自偷了一艘小型登陸艇，單槍匹馬地駛向云層內(nèi)部，試著用瓦肯人的心靈感應(yīng)術(shù)與它溝通。結(jié)果史波克發(fā)現(xiàn)威者竟然是部活機(jī)器，它的故鄉(xiāng)在銀河系的另外一端，是一個(gè)全部由機(jī)器人統(tǒng)治的星球。雖然威者具有無(wú)比強(qiáng)大的威力，卻與人類一樣有個(gè)始終無(wú)法解開的謎-不知道自己的生命從何而來(lái)？但史波克不能了解的是，它為什么要到地球去尋找答案？因?yàn)闊o(wú)法阻止威者，企業(yè)號(hào)只好隨著它一起航向地球。到達(dá)地球之后，威者立刻開始用各種訊號(hào)呼喚它的創(chuàng)造者，結(jié)果當(dāng)然是得不到回音。但又不知是什么緣故，威者卻認(rèn)為這全是地球上的『碳基生命』干擾所致，因此決定要把所有的生物全部消滅！好在寇克急中生智，騙假伊莉雅說(shuō)創(chuàng)造者必須先與威者面對(duì)面接觸，然后才肯回答它的問題。假伊莉雅信以為真，便帶領(lǐng)寇克、史波克、麥考伊與迪卡一起走向能量云的核心。沒想到卻發(fā)現(xiàn)里面只有一艘老式的宇宙飛船在300年前從地球發(fā)射的『航海家二號(hào)』（Voyager-Ⅱ）。原來(lái)它在飛過了那個(gè)機(jī)器人的世界之后，被改造成一部有智慧與意識(shí)的機(jī)器，然后又繼續(xù)執(zhí)行人類在三百年前賦予它的原始命令『搜集一切資料并立刻傳回地球』。真相大白之后，威者卻又提出一個(gè)更驚人的要求，它說(shuō)它想要真正地?fù)肀ё约旱膭?chuàng)造者-人類。于是迪卡艦長(zhǎng)自告奮勇，在一片奇異耀眼的光芒中，與威者以及復(fù)制的伊莉雅結(jié)合成一體。威者融合了迪卡與伊莉雅的人性，變成一種嶄新的生命形態(tài)，心滿意足地離開地球，繼續(xù)它無(wú)盡的宇宙探險(xiǎn)。地球的危機(jī)也就此化解。