外宇宙から現(xiàn)れた謎の光が地球に向けて進(jìn)んでいく。その光球飛行物體が通り過(guò)ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物體は急速に地球に接近、地球側(cè)も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて來(lái)た大艦隊(duì)の奇襲攻撃に地球艦隊(duì)は為すべも無(wú)く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される。 暗黒星団帝國(guó)はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質(zhì)量を破壊し、人類の脳細(xì)胞を一挙に死滅させることが出來(lái)ると脅してくる。 古代達(dá)ヤマトの乗組員達(dá)は、英雄の丘に集結(jié)、森雪のもたらした地球防衛(wèi)軍長(zhǎng)官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負(fù)傷し、一人だけ地球に取り殘されることになる。地球から決死の脫出を果たした一行がイカロスに著くと、そこにはヤマトが隠されていた。 ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40萬(wàn)光年の航海に旅立つ。