在百子成功渡過(guò)地表入侵，山地基因危機(jī)，Ari智能危機(jī)以及天幕輻射危機(jī)的5年后，天空人和小oHeda領(lǐng)導(dǎo)的地表人又回到了地面。 　　在重建家園的時(shí)候，意外發(fā)現(xiàn)大戰(zhàn)前美國(guó)國(guó)防建立的海底智能化基地由于備用供電終止，浮出水面。 　　在探索后發(fā)現(xiàn)，基地并沒(méi)有幸存者。 　　在修好了供電設(shè)備后，天空人進(jìn)入了海底基地的控制系統(tǒng)，原來(lái)這是在冷戰(zhàn)時(shí)期就開(kāi)始研發(fā)的太空戰(zhàn)基地，之所以修在海底是為了安全和保密。 　　海底基地可以接入還在運(yùn)行的軍事衛(wèi)星，意外發(fā)現(xiàn)美國(guó)已經(jīng)偷偷和宇宙的神族文明取得了聯(lián)系，神族文明的外交艦隊(duì)已在百年前出發(fā)，現(xiàn)在已進(jìn)入銀河系的邊緣。 　　神族文明發(fā)現(xiàn)地球文明已經(jīng)不復(fù)存在。 　　同時(shí)ari當(dāng)時(shí)備份在宇宙空間站的系統(tǒng)錯(cuò)誤判定神族文明的來(lái)意，希望他們能幫助人類(lèi)重建家園。 　　然而神族文明卻已開(kāi)始了殖民地球的計(jì)劃。 　　外交艦隊(duì)的任務(wù)是消滅地球殘留文明建立新的秩序。 　　天空人和地表人將如何利用...