隨著人類大規模的從事宇宙活動，在人工衛星上生活的調整者和在地球上生活的自然人之間的矛盾日益尖銳。在C.E70年2月14日，被后人稱之為的“血色情人節”，由調整者殖民衛星組成的專門軍事組織“Z.A.F.T.”，即扎夫特，和以大西洋聯邦為首的地球聯合軍終于撕破臉，慘烈的宇宙戰爭自此爆發。調整者阿斯蘭（石田彰配音）的母親在“血色情人節”里不幸喪生，讓其決定加入扎夫特，參與奪取由地球軍秘密研制的新型高性能機動戰士的計劃。與扎夫特對立的地球軍則積極反抗，阿斯蘭的兒時好友，同樣身為調整者的基拉（保志總一朗配音）偶然中被拉進地球軍的陣營，搶奪還未被劫走的高達。在這一系列的行動中，基拉展現了強大的戰斗力，也在對立的情況下，和阿斯蘭重逢，愛恨糾纏戰爭與和平的故事就此拉開序幕……